DNA碎片化是一种自然过程，可以在垂死的细胞和古代DNA样品中观察到。DNA碎片化也是分子生物学中的重要技术，因为它使我们能够将长的DNA碎片分解为更易于管理的大小。例如，在下一代测序中，只能测序最多250 bp的片段。通常的DNA片段要长得多，因此DNA需要碎片或切成较小的链。
有几种破碎DNA的技术：
超声处理
在超声源中，通过将其暴露于声波（通常超声波）来碎片。当强大的声波撞击DNA链时，它将产生双链断裂，将长DNA链切成较小的片段。为了获得特定的DNA尺寸，需要调整功率和时间。
酶促
长DNA链也可以使用酶促反应分散。有几种不同的酶能够切割DNA链，它们可以靶向特定序列或随机切割DNA。