连接是一个共价连接双链DNA的磷酸骨干的过程。它是由一种叫做DNA连接酶．

连接反应一般包括两个步骤:

• DNA末端碰撞。这种碰撞是偶然发生的，在低温下发生的概率较低。低温使互补核苷酸之间的氢键稳定下来。DNA连接酶在25℃时达到最佳活性^o．一般的规律是培养温度越低，培养时间越长。

• 酶促反应。DNA连接酶催化3'-羟基与5'-磷酸之间的连接。

图1:AMP核苷酸转移到5'-磷酸上。然后AMP-磷酸键被3'-OH攻击，在释放AMP的同时形成共价键。