胚胎学提供了证据的关联性从现在广泛发散组的生物。突变的调整胚胎在成年后可能会产生如此巨大的影响,以至于胚胎的形成往往是保守的。因此,在某些群体中缺失的结构往往出现在胚胎阶段,并在成年或幼年时期消失。例如,包括人类在内的所有脊椎动物胚胎,在其早期发育的某个阶段都表现出鳃缝和尾巴。这些在成年陆地群体中消失,但在成年水生群体中保持,如鱼类和一些两栖动物。包括人类在内的类人猿胚胎在发育过程中都有尾巴结构,但在出生时就失去了。

图示鱼类、蝾螈、海龟、鸡、羊和人类胚胎发育的三个阶段。在显示的第一阶段,所有的胚胎都有非常相似的外观。它们有一个简单的结构,一端是圆形的部分,还有一个像尾巴一样的部分,延伸并缠绕在一起,形成一个C形。在第二阶段,鱼和蝾螈的胚胎已经伸直,形成一个管状的形状,一端是头,另一端是尾巴。其余的胚胎保持了最初的形状,但已经长大,现在有可见的肢芽。在显示的第三阶段,胚胎具有明显的特征。鱼的胚胎有鳍,而蝾螈的腿很小,尾巴很长。龟胚的背上有壳,鸡胚的背上有喙。绵羊和人类胚胎看起来仍然相似,但人类胚胎有一个圆形的头骨形状和明显的五趾脚。

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