Un metodo comunemente usato per isolare l'RNA totale è l'estrazione guanidinio tiocianato-fenolo-cloroformio. Questo metodo utilizza una sostanza chimica chiamata TRIreagent (o TRIzol), che contiene isotiocianato di guanidinio, un potente denaturante delle proteine, e fenolo, un solvente organico. Il tampone TRIreagent mantiene l'integrità dell'RNA, distrugge le cellule e denatura le proteine. Questo metodo è basato sulla ricerca di Piotr Chomczynski e Nicoletta Sacchi nel 1987 e 2006. Richiede un po' più tempo dei metodi basati su colonne come RNAeasy (Qiagen), ma può gestire quantità maggiori di tessuto o cellule e quindi produce più RNA.

Le fasi principali dell'isolamento dell'RNA sono le seguenti:.

• Lisi cellulare e rottura delle strutture cellulari.
• Separazione dell'RNA dai detriti cellulari.
• Purificazione dell'RNA dal DNA e dalle proteine.
• Precipitazione dell'RNA.
• Lavaggio e risospensione dell'RNA.

Il lisato consiste di RNA, DNA, proteine e detriti cellulari. La centrifugazione può essere usata per separare le macromolecole (proteine, RNA e DNA) dai detriti cellulari. La separazione di fase del campione avverrà quando il cloroformio viene aggiunto al campione, in base alle diverse densità. Inoltre, il pH determinerà la separazione degli acidi nucleici e delle proteine. L'RNA polare rimarrà nella fase polare superiore, il DNA si accumulerà nell'interfase e le proteine denaturate si dissolveranno nella fase organica inferiore.

L'RNA dalla fase acquosa viene precipitato aggiungendo isopropanolo, che precipita le molecole polari come l'RNA e i sali. I sali possono essere lavati via con etanolo al 75% per ottenere RNA puro. Infine il pellet di RNA viene asciugato e risospeso usando acqua senza RNAse come tampone.

Dopo l'isolamento dell'RNA,concentrazione e purezzadell'RNA devono essere valutate. Anche laqualitàdovrebbe essere ispezionata prima di inizare ulteriore analisi.