In base alla polarità dellafase mobilee dellafase stazionaria, la HPLC può essere suddivisa in due tecniche principali:
Altre due tecniche sono la cromatografia a scambio ionico (basata su interazioni ioniche tra analiti e resine caricate positivamente o negativamente) e la cromatografia ad esclusione dimensionale (basata sulla dimensione molecolare degli analiti).