离子交换色谱法是一种液相色谱法样品中的分子根据电荷被分离。

它通常用于分离带电荷的生物分子，如蛋白质、多肽、氨基酸或核苷酸。例如，蛋白质中的氨基酸含有正电荷和负电荷的化学基团。蛋白质可以带正电荷或负电荷，甚至不带电荷，这取决于其环境的pH值。

蛋白质不带电荷的pH值称为等电点。因此，缓冲液pH的选择决定了感兴趣蛋白质的净电荷。如果缓冲液的pH值大于感兴趣蛋白质的等电点，蛋白质就会带一个净负电荷。另一方面，pH值低于等电点会使蛋白质带净正电荷。

取决于被分离分子的净电荷固定相应相应地选择。此外，由于样品是不同带不同电荷的化合物的混合物，通常使用缓冲梯度来分别洗脱每个不同的化合物(图1)。

图1所示。离子交换色谱的例子。