大多数细胞几乎是透明的，很难区分任何结构。为了更好地观察细胞及其特定成分，你可以使用化学试剂染色特定的结构。在染色剂可以应用于样品之前，样品需要准备．
染色细胞通常需要一个或几个这样的附加程序:
脱水-用其他化学物质替换样品中的水
透化作用-溶解细胞膜，使较大的染料渗透到细胞内部
固定-包括几种技术，比如在蛋白质之间建立化学键以增加蛋白质的硬度。
媒介的应用-一种与染料和组织形成强烈复合体的物质
有许多不同的污渍，以下是虚拟实验室中使用的污渍列表:
马洛里染色法
他走时染色