Le pH, qui est la mesure de l'acidité ou de l'alcalinité d'un environnement, affecte considérablementla croissance cellulaire des micro-organismes. Chaque micro-organisme a un pH optimal. Le pH optimal de la plupart des champignons (y compris les levures) est légèrement acide. Le pH affecte la stabilité des enzymes et des protéines. Il peut provoquer la dénaturation des enzymes et entraver le pompage ionique de la membrane.