如果是QPCR.，避免引物二聚体和其他非特异性PCR产品非常重要，因为它们将掺入荧光团，导致不准确QPCR中的定量化实验。除了平常设计引物时的考虑因素，有一些重要的指导QPCR引物：

1）选择给予100-200 BP的产品（扩增子）的引物（最佳100bp）。PCR适用于这些尺寸的小型扩增器。引物应该是20 bp左右。

2）如果可能，设计引物以跨越外显子边界（在两个不同的外显子中）以检测可能的基因组DNA污染。但要小心，因为这些引物可以检测到一些拼接变体，但不是其他引物。如果不可能，在逆转录之前将RNA样品用DNase治疗RNA样品非常重要。

3）检查两个引物的序列不是过于互补的，以避免它们彼此结合并形成引物二聚体。