Le sequenze dell'acido nucleicopossono essere isolate con diverse tecniche molecolari. Prima di isolare specifiche sequenze di acidi nucleici è spesso necessarioestrarre gli acidi nucleicidal resto delle cellule.

Per isolare una sequenza nota, si possono usare primer perPCRo latrascrizione inversaper amplificare sequenze specifiche.

Se una sequenza di DNA di interesse fa parte di un plasmide, per l'isolamento possono essere utilizzati specificienzimi di restrizione.