化学反应物酶结合是酶的底物。一种酶可以具有一个或多个底物，具体取决于特定的化学反应。在某些反应中，底物可以分解为几种产品。在其他反应中，多个底物可以组合在一起创建一种产品，或者被修改。

酶内底物结合的位置称为活性站点。该站点是针对基材的。当底物与活性位点结合时，整个分子称为酶 - 基底复合物。

底物是非常通用的分子，可以化学修饰以结合到某些探针，例如荧光团或放射性同位素。当酶催化反应时，可以将底物转换为有色产物。探针可以裂解以释放信号。或基板的大小进行量化。