分子间作用力是薄层色谱分离化合物的基础。这里有三种成分，固定相，流动相和样品。这些组件之间相互作用的平衡导致分离。
固定相由重复硅氧链的3D硅胶网络组成，OH基团形成极性表面，如图1所示。
这与样品相互作用，样品通常是不同极性化合物的混合物。化合物与极性官能团会比非极性化合物与薄层色谱板有更强的相互作用。由于它们会通过一系列分子间力与表面相互作用，包括偶极-偶极相互作用，氢键(官能团依赖)和范德华力。然而，非极性化合物只能通过微弱的范德华力相互作用。极性化合物将被更强烈地吸附在TLC板上，不会移动那么远，创造一个分离。
这个互动谜题的最后一个组成部分是移动阶段，这是你拥有最大控制权的阶段。流动相的选择将取决于你分离的样品。溶剂本身对流动相有亲和力，而样品本质上是与溶剂与平板的结合位点竞争。流动阶段将样品推到平板上。如果溶剂与流动相的相互作用太弱，样品将保持在基线。然而，如果它的相互作用太强烈，它就会把样品一直移到平板的顶部。平衡的相互作用是找到一种溶剂与固定相有相似的亲和力比样品，导致不同的化合物以不同的速度移动。