用户克隆的底漆设计分为两个，取决于底漆区域：
这是引物区域，其退火到目标DNA序列。此序列是设计的标准规则用于标准PCR中的引物设计。
该引物区域负责形成3'凝聚力悬垂允许随后结扎DNA片段。在设计该地区时有三种主要规则：
长度：底漆悬垂的理想长度是CA。7-12个核苷酸。较长的悬垂也有效，但悬垂越长，PCR产量越低。
熔化温度（TM）：悬垂的理想范围是加利福尼亚州。10-30°C。引物悬垂TM将在DNA片段中定义3'突出的TM以组装。因此，重要的是，对于所有DNA片段来组装的TM非常相似，以确保成功的用户克隆实验。
DNA序列设计：5'悬垂需要尽可能多地不同，以确保所有DNA片段的定向组装。