为了从植物细胞中提取RNA分子，必须破坏细胞壁和裂解质膜。每个生物都为RNA酶编码，这是一种降解RNA分子的酶家族。在处理RNA时，非常小心是很重要的，因为环境中有大量的RNA酶。任何一粒尘埃都可能含有rna酶，它可以降解你的样本中的rna。因此，电池通常在-196°C的液氮中研磨。液氮在-196℃沸腾;在这种低温下，酶被灭活，所有的生物功能停止。此外，低温使细胞壁变得脆弱，这使它们非常脆弱和易碎。
一种常用的分离总RNA的方法是硫氰酸胍-苯酚-氯仿萃取法。这种方法使用了一种叫做TRI试剂的化学试剂。TRI试剂维持rna的完整性，破坏细胞和变性蛋白质。
RNA分离的主要步骤如下:
- 细胞裂解和细胞结构破坏。
- 从细胞碎片中分离RNA。
- RNA进行净化。
一旦大分子在溶液中，它们可以通过离心从细胞碎片中分离出来。在单相TRI试剂中加入氯仿，样品就会发生相分离。极性RNA将保持在上极性相，DNA将积聚在间相，变性的蛋白质将溶解在下层有机相。通过添加异丙醇，RNA会沉淀极性分子，如RNA和盐。75%的乙醇可将盐洗去，得到纯RNA。