化学浸透は,選択的半透膜の間をイオンが電気化学的勾配濃度の濃い方から薄い方に移動することです。細胞呼吸ではプロトンがATPシンターゼの間を拡散することを意味します。この過程では酸化的リン酸化によってATPが生成されます。何らかの理由で電気化学的勾配が途絶えた場合、電子伝達系は中断されます。

異なる電子伝達体は異なる量のATPを生み出します。平均ではNADH分子につき3つのATP分子が生成され、FADH₂分子につき2つのATPが生成されます。