在共焦显微镜，扫描线速度指的是你的样本每秒被扫描多少行。这决定了图像的时间分辨率;频率越高，时间分辨率越高，即采集时间越长。

随着扫描线速度的增加，像素采样时间减少，导致信噪比降低，图像分辨率降低。图像强度的损失可以通过增加获得，但图像质量无法通过这种方式得到改善。其他技术如增加激光功率或增加针孔尺寸必须用来增加光子输入;这些技术都有其缺点，而且需要更多的时间，这就无法使用更高的扫描线速度。

当扫描线速度过快时，视场也会缩小。这是由于扫描镜不同步。当对活体标本进行成像时，使用高扫描线速度，因为时间比图像质量更重要。

在较慢的速度下，像素可以被扫描更长时间，检测到更多的信号，从而获得更高质量的图像。但是，如果扫描线速度过低，则样品需要忍受更长时间的激光扫描，样品可能会出现光漂白现象。这是当flurophores在样品中进行光化学改变，使它们不再发出荧光。因此，在图像质量和样品损伤之间寻找最佳扫描线速度是很重要的。