为吉布森组装你需要末端重叠的DNA片段。这些片段通常由带有匹配的限制摘要获得限制性内切酶．

为了得到高收率的吉布森产物，应在反应混合物中加入相同数量的每个DNA片段。在大多数情况下，碎片有不同的长度，因此你需要用以下公式计算等摩尔浓度:

不同DNA片段的浓度可以用Nanodrop来测量，Nanodrop是一种仪器，允许测量最小数量的液体中的核酸浓度。片段的长度可由质粒地图。一旦你计算出每个碎片所需的量，你就必须加水到预定的反应体积。要开始反应，只需加入相同体积的2X Gibson反应混合物，并在50摄氏度下孵化样品1小时。