微生物无处不在，人类与微生物的接触也很频繁。此外，人体的不同部位都被细菌占据。这些细菌可能是无害的，也可能是有益的(共生菌)，也可能是致病的(致病菌)。病原体可以传播直接或间接(通过摄入被污染的食物或水或接触被污染的表面)。人类对微生物的传播有多种防御手段，如皮肤或粘膜作为物理屏障，唾液或粘液将微生物带走，或低pH值或胆盐损害微生物。共生菌群(又称正常菌群、菌群或菌群的统称)微生物组)也可以通过抑制病原体或其他微生物的生长或它们在特定生态位所具有的竞争优势来帮助抵御病原体。最后，免疫系统允许宿主启动一种特定的保护反应来中和微生物入侵。当病原体破坏了它可能引起的宿主防御传染性疾病．