Leclonage moleculairepar ligature et digestion par enzymes de restriction est la méthode de clonage "classique" et reste l'une des techniques les plus populaires. En principe, l'assemblage du plasmide implique les étapes suivantes :
La digestion par enzymes de restriction: le plasmide vecteur circulaire fermé et le fragment du gène d'intérêt sont coupés avec une ou plusieursenzymes de restriction.
La ligature: les fragments d'ADN avec des surplombs compatibles sont ligaturés dans unvecteur plasmidiquelinéarisé.
On obtient des taux de réussite plus élevés en utilisant des fragments d'ADN avec des extrémités collantes/en surplomb en 5' ou 3' plutôt que d'assembler des fragments d'ADN avec des extrémités émoussées.