连锁分析对于确定一个感兴趣的基因的大致位置非常有用，例如，一个被怀疑引起某种疾病或状况的基因。为了识别这种基因，我们可以使用已知确切位置的标记或特定的DNA序列。例如，我们可以用微卫星或SNP(单核苷酸多态性)作为标记。通过观察哪些等位基因变异总是存在于受影响的个体中，我们就可以缩小基因的大致位置。

我们需要分析家族中几代人中的许多个体来确定基因的位置，因为我们需要找到一个特定的等位基因它总是存在于受影响的个体中而从不存在于健康的个体中。一个家庭内的基因变异较少，因为它们都是基因上相关的。

这就是为什么最好是在亲密的家庭中比较个体，而不是在不相关的家庭中寻找一个健康的个体。一个健康的人可能有相同的等位基因。然而，由于一个人来自一个不相关的家庭，这个人不具有这种疾病基因。因此，我们总是需要比较一个亲密的家庭。

凝胶电泳连锁分析时，纯合子的每个人都有一个凝胶带，而杂合的每个人在凝胶上都有两个条带。