La progettazione meticolosa dei primer è una questione critica per evitare prodotti PCR non specifici. Ci sono diversi tipi di software disponibili che assistono la progettazione dei primer (per esempio Primer3) e aiutano a considerarne le principali caratteristiche:
- La posizione nel genoma: i primer devono essere complementari all'inizio della regione che deve essere copiata. Qui si applicano caratteristiche speciali a seconda dello scopo dell'esperimento. Per esempio, se vogliamo amplificare un gene specifico, è importante evitare che i primer possano annebbiarsi con altri bersagli.
- La temperatura di fusione (Tm): i primer dovrebbero legarsi al modello di DNA a 60ºC. Di solito una Tm di 65ºC è sufficiente. Il contenuto di guanina-citosina (GC) è molto importante per definire questa temperatura.
- La struttura: le strutture secondarie e l'accoppiamento complementare tra i primer devono essere evitati per evitare dimeri di primer.
Progettazione primer per PCR
Progettazione primer per qPCR