反应的化学反应物酶结合物是酶的底物。根据特定的化学反应，一种酶可以有一种或多种底物。在某些反应中，基质可分解成几种产物。在其他的反应中，多个基板可以聚在一起生成一个产物，或者被修饰。

底物在酶内结合的位置称为活性部位．这个部位是特定于基质的。当底物与活性位点结合时，整个分子被称为es复杂．

底物是非常通用的分子，它们可以被化学修饰，以共轭到特定的探针，如荧光团或放射性同位素。当酶催化反应时，底物可以转化为有色产品;探针可以被劈开以释放信号;或者可以量化基底的大小。