Delta Ct (ΔΔCt)又称Livak法，是目前分析qPCR数据最常用的方法。

Delta Delta Ct方法对PCR有一个重要的假设，即参照基因和目标基因的扩增效率必须近似相等(设为2)，具体如下:Delta - Delta Ct假设每个PCR周期将准确地使样品中的材料量翻倍(扩增效率= 100%或2)标准曲线为了确保引物参考基因而我们感兴趣的基因具有相当的效率。如果效率不同，你需要设计新的引物．

Delta Delta Ct方法首先在实验条件下比较感兴趣基因(这里是LEP)和参照基因(这里是GADPH)的表达差异(ΔCt)，然后分别在阳性对照中进行比较。

ΔCt(样本)= Ct(感兴趣基因)−Ct(参照基因)

然后比较实验样品与阳性对照样品的差异。

ΔΔCt = ΔCt(实验样本)−ΔCt(阳性对照)

我们利用公式计算了两个比较序列之间基因表达的相对变化2^——ΔΔCt，其中2是设置为100%的效率。