生命分子的结构就像解剖结构一样进化的证据．

所有生命都有共同祖先的证据体现在普遍性上DNA作为遗传物质，以及近乎普遍的遗传密码和DNA复制机制表达式．生物群之间的亲缘关系反映在它们DNA序列的相似性上，这正是人们所期望的从后代和后代进化而来的模式多样化来自共同的祖先。

DNA序列也揭示了一些进化机制。例如，很明显，蛋白质新功能的进化通常发生在基因复制事件之后，允许一个拷贝被自由修改漂移，突变,或选择而第二个复制体则继续产生一种有功能的蛋白质。